Концептуально его христология оказывалась созвучной арианству в части описания единства Христа. Так, попытка Аполлинария ответить на вопрос о том, каким образом Христос может быть одновременно и человеком и Богом, завершается провалом: Аполлинарий, опираясь на платонические представления о трехчастной природе человека (дух, душа, тело), утверждает, что воплотившийся Логос во Христе, сохранив в полноте человеческую душу и тело, заменил собою дух.